Снятие с учета офицера-запаса в связи с переездом на новое место жительства.

[пенсионер]

но мне отказали ссылаясь на то что нет местной прописки.

Если Вы пенсионер МО РФ, можете написать заявление о переводе  (назначении) пенсии по месту пребывания. И так раз в 3 месяца, прописка не нужна. Ну и на учет также можно (нужно) встать и соответственно должны поставить если военнообязанный прибыл даже без регистрации:
 п.1 ст.10 Федеральный закон от 28 марта 1998 г. N 53-ФЗ "О воинской обязанности и военной службе"
"явиться в двухнедельный срок в военный комиссариат для постановки на воинский учет, снятия с воинского учета и внесения изменений в документы воинского учета при переезде на новое место жительства и (или) место пребывания, в том числе не подтвержденные регистрацией по месту жительства и (или) месту пребывания, либо выезде из Российской Федерации на срок более шести месяцев или въезде в Российскую Федерацию;"